Sau khi Đại đồn Chí Hòa thất thủ (tháng 2 năm 1861), mặc cho quân triều đình rút chạy, các đạo quân ứng nghĩa vẫn tìm cách cản ngăn quân Pháp. Đến khi Định Tường thất thủ, phong trào kháng chiến của nhân dân càng bùng lên dữ dội, và làm chủ được nhiều làng xã. Vậy nên, theo GS. Nguyễn Phan Quang, mặc dù quân Pháp chiếm được Định Tường, nhưng chỉ đóng được ba đồn là Gia Thạnh, Chợ Gạo và Gò Công. Nổi bật trong số những đạo quân ứng nghĩa, có Trương Định với khoảng 6.000 quân, làm chủ vùng Tây Nam Gò Công; Đỗ Trình Thoại ở vùng Tân Hòa, Gò Công; Phủ Cậu ở vùng Rạch Chanh (Mỹ Tho); Võ Duy Dương ở vùng Tây Bắc tỉnh Định Tường và của Quản Tu (người đã bắn chết Trung tá Bourdais trên sông Bảo Định) ở hữu ngạn sông Vàm Cỏ Tây.

Bất lực trước sức đề kháng của nhân dân Việt, Đề đốc Hải quân Charner đã xin từ chức. Tháng 10 năm 1861, Đô đốc L. Bonard được cử sang thay, quyết tâm thực hiện lệnh của Bộ trưởng Hải quân Pháp là phải giữ vững sự đô hộ của chúng ta ở Sài Gòn...ở đó chúng có thể ở lại lâu dài[2].

Rút kinh nghiệm thất bại của Charne, tướng Bonard chủ trương chưa đánh sâu vào các làng xã mà khẩn trương đánh chiếm những tỉnh thành. Theo đó, kế hoạch đánh chiếm Biên Hòa và Vĩnh Long liền được thảo ra, và nhanh chóng thực hiện nhằm mở rộng khả năng càn quét, bao vây, tiêu diệt các lực lượng chống đối trên một địa bàn rộng lớn từ sông Đồng Nai đến sông Tiền, sông Hậu.